DNA Barcoding ?

DNABarcoding

Identifikasi organisme dapat dilakukan dengan menggunakan morfologi, dengan alat bantu mikroskop, dengan metode biokimia dan metode molekuler. Barkode sebenarnya adalah label spesifik untuk suatu barang misalnya hasil pabrikasi yang dijual di pasaran. Istilah DNA barkode adalah sekuen pendek DNA yang diambil dari bagian genom seatu organisme untuk mengidentifikasi spesies secara molekuler. Lokus DNA yang digunakan untuk barkode ada dalam semua takson organisme, dapat disekuen, variasi yang tinggi antarspesies namun cendrung sama intraspesies. Syarat DNA dan metode yang digunakan terstandar. Sekuen pendek DNA yang diambil dari bagian yang sama dari suatu gen, dengan ukuran yang sama dan dapat membedakan spesies. Tujuan barkoding DNA mengidentifikasi spesies, memperoleh informasi secara cepat, murah dan akurat.

Klasifikasi awal digagas oleh Carl Linneus berdasarkan morfologi. Tahun 1977 Woose memisahkan tiga domain yaitu eukarya, bacteria dan archaea menggunakan 16s rRNA. Kemudian tahun 2003 Paul Hebert mengusulkan fragmen DNA untuk barkode yaitu gen cytochrome c oxidase I (COI) yang merupakan gen penyandi enzim terakhir dari rantai respirasi mitokondria ynag mengkatalisis elektron dari sitokrom ke oksigen molekuler. Mitokondria memiliki banyak kopi dalam sel dibandingkan DNA inti selain itu sedikit atau tidak mengandung intron. Jika dibandingkan antara manusia dengan Simpanse menggunakan DNA inti maka bedanya hanya 0.9% namun jika menggunakan DNA mitokondria perbedaan 10 kali lebih besar yaitu 9 %. Gen COI ini dapat digunakan hampir pada semua spesies hewan. Keterbatasan gen ini terjadi pada grup yang variasi yang rendah sperti Cnidaria, jika organisme tersebut hasil hibrid yang berasal dari dua tetua yang berbeda.

Pada tanaman gen mitokondria mengalami perubahan yang rendah. Oleh karena itu digunakan gen internal transcribe spacer (ITS) pada level spesies. Selain itu, gen pada kloroplas. Dalam tanaman sulit untuk menggunakan satu gen untuk barkode, umumnya digunakan beberapa gen bersamaan. Pada fungi banyak digunakan gen ITS cistron untuk keperluan identifikasi. ITS adalah daerah pada RNA ribosom yang memisahkan tiga subunit rRNA (18s, 5.8s dan 28s rRNA). Selain itu, saat ini juga tengah dikembangkan DNA minibarcode dengan menggunakan kurang dari 150 pasang basa namun dapat membedakan dengan baik seperti sekuen COI penuh 648 pb.

International Barcode of Life Project adalah salah satu konsorsium dari 25 negara yang bertujuan mendapatkan 5 juta spesies dari 50.000 spesies selama 5 tahun. Misi konsorsium tersebut adalah ingin mengembangkan alat sederhana untuk mengidentifikasi secara cepat dan sederhana untuk mengidentifikasi spesies organisme seperti Barkode di Supermarket. Analisis sekuen dapat dilakukan secara online pada beberapa website di internet.


Advertisements

Leave a Comment

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s