iGEM Distribution Kits, Apa itu ?

Assalamu’alaikum. Ini tulisan saya lagi tentang iGEM. Tentu untuk ngeh saat membaca apa tulisan ini Anda setidaknya harus tahu sedikit tentang kompetisi biologi sintetik ini (iGEM). Tulisan-tulisan sebelumnya tentang iGEM dapat dilihat di sini. Well, langsung to the point yo. Dalam kompetisi iGEM ada beberapa hal yang krusial dan pastinya harus dipahami oleh pembimbing (advisor dan instructor) juga para peserta (team member), salah satunya Distribution Kits. iGEM adalah kompetisi Biologi Sintetik dimana peserta dapat merancang “mesin genetik” sendiri untuk menghasilkan sesuatu yang telah Ia rencanakan. Tentunya “mesin” ini harus dapat bekerja secara biologis. Apa mesin itu sendiri ? Kata mesin saya gunakan untuk mengganti perangkat-perangkat DNA yang diperlukan untuk merancang sirkuit genetik yang berjalan dalam mekanisme biologis. Bagian-bagiannya antara lain, promotor, ribosom binding site (rbs), terminator, coding region, dll. Pastinya pengertian dan fungsi masing-masing tentang hal itu sudah harus di luar kepala ya.  

Saya akan mencoba meyontohkan suatu ide yang paling sering di kompetisi ini : membuat biosensor menggunakan pigmen yang berwarna-warni untuk mendeteksi keberadaan zat tertentu (misalnya formaldehid). Bagaimana merancang sistem biologi yang baru untuk hal ini yang secara alamiah tidak ada sebelumnya di alam ? Anda mulai akan berpikir tentang apakah yang bisa mengikat senyawa yang ingin dideteksi (jika zat itu ada) dan kemudian mengaktivasi pembentukan warna tertentu, untuk hasil positif. Jika dijabarkan lebih detil maka Anda harus meneliti dan kemudian merancang parts-parts mana yang akan digunakan untuk sirkuit genetik itu. Parts inilah yang merupakan sekuen DNA yang sudah terstandar yang diberikan kepada tim peserta, mulai dari berbagai regulator sampai coding region untuk suatu gen. iGEM HQ mengirimkan parts yang ada dalam database berupa DNA yang bisa digunakan oleh peserta. Parts ini selalu dicek dan recek oleh iGEM HQ untuk melihat kualitas, keakuratan fungsi dan berbagai hal terkait parts itu sendiri. Nah, dari mana sebenarnya parts itu ?. Parts dalam database bisa dari tim iGEM dari tahun 2005 hingga yang terbaru, dari para pendesain lain. Bagaimana jika untuk membuat suatu sirkuit genetik tidak tersedia lengkap di parts yang diberikan ? Jawabannya adalah dengan memesan pada parts.igem.org atau melakukan sintesis sekuen DNA yang diinginkan. Hmm, tentu sintesis gen bukan hal yang murah.

Tingkat SMA / High School

Apa saja yang ada dalam Ditribution Kits tahun ini ? Untuk SMA (High School) ada beberapa yang dikirimkan oleh iGEM HQ yaitu : Plasmid, 3A Assembly Kit, Transformation Kit, Plastics ware untuk transformasi dan kultur bakteri, parts  yaitu Part A (BBa_J04500) and Part B (BBa_J04650), pi dan stiker. Untuk tingkat SMA lomba ini hanya untuk memperkenalkan dan melatih ketrampilan siswa SMA dalam melakukan assembly parts (dengan teknik 3A) dan tentunya ketrampilan dalam transformasi parts ke dalam sel E.coli. Hasil akhirnya adalah, jika parts dapat tergabung dengan baik dan bekerja maka E.coli akan berubah menjadi warna MERAH. And the project is done ! Pekerjaannya selesai sampai disitu.

3A Assembly Protocol (igem.org)

Di wiki mereka akan menceritakan bagaimana hal itu mereka lakukan dan hal-hal yang terjadi selama pengerjaan baik kesulitan maupun tantangan. Simple isn’t ? but I don’t think highschooler consider this project is simple matter, hehhe. Ngomong-ngomong, untuk pendaftaran peserta tingkat SMA itu mencapai 1500 USD sampai 2000 USD lho ? atau jika di-rupiahkan menjadi 15-20 juta rupiah. Lumayan kan ?.Oh iya, Apa semuanya bisa dikerjakan dengan bahan yang diberikan oleh panitia sampai selesai, atau tidak ada keperluan lain hingga memerlukan biaya tambahan ? Jangan senang dulu, untuk melalukan teknik 3A, pasti memerlukan enzim restriksi yang lumayan berserta teman-temannya dalam kit restriksi itu. Hal itu tidak disiapkan lho.

High School Distribution Kits 2013 (igem.org)

Tingkat Universitas / College

Hmm, tidak perlu ditanya lagi pasti untuk tingkat mahasiswa lebih sulit dibandingkan dengan SMA. Setiap tim menentukan ide masing-masing dalam membuat suatu sistem biologi yang baru. Pada tingkat ini Distribution Kits yang diberikan berupa plasmid dan lebih dari 1000 parts dalam bentuk dried DNA dalam plate. Tim diberikan panduan mengenai parts tertentu (yang diinginkan) ada di lokasi mana tau ada di sumur mana. Parts-parts yang berkaitan dengan keperluan tim dapat digunakan untuk membuat sirkuit genetik yang diinginkan. Tahun 2013 ini ada tambahan baru dari panitia pusat berupa transformation kits (perangkat transformasi) yang pada tahun-tahun sebelumnya tidak ada. Biaya pendaftaran untuk tahun ini yaitu 27-33 juta rupiah. Bahan-bahan molekuler lainnya yang tidak diberikan panitia berarti disiapkan sendiri. Hmm, berarti butuh dana yang lumayan juga ya untuk berkompetisi di iGEM.

College Distribution Kits 2012 (igem.org)

Bandingkan antara Kits 2012 dan 2013 dibawah ini. Tahu kan yang mana aja plate, plasmid (tutup warna warni), dan pin, stiker-nya ?

2013 Distribution Kits (igem.org)

Sekian – Semoga Bermanfaat

Advertisements

Leave a Comment

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s